Den mystiske sag om hunden i natten er en usÌdvanlig mordgüde. Detektiv og fortÌller er den 15-ürige Christopher Boone, der bor alene med sin far og lider af Aspergers syndrom, en form for autisme. Han forstür ikke metaforer, ironi og ansigtsudtryk og hader berøringer og farverne brun og gul. Men han elsker matematik, logik, lister og sandheden.
En dag finder han genboens hund myrdet og sÌtter sig for at finde gerningsmanden. Efterforskningen af mysteriet om den myrdede hund sender ham hovedkulds ud pü en rejse gennem en verden, han ikke forstür. Og den fører til opklaringen af en hemmelighed, som vender op og ned pü hans liv.
En gribende og indfølt fortÌlling af en autistisk dreng og en medrivende kriminalroman, der gør det samme for naturvidenskaben som Sofies verden for filosofien.