Paris 1785: Der junge Ingenieur Jean-Baptiste Baratte erhält von höchster Stelle den Auftrag, den übel stinkenden Friedhof der Unschuldigen zu demolieren. Er engagiert einen Trupp hartgesottener Arbeiter aus Flandern, um die Skelette auszugraben und fortzuschaffen. Doch nicht nur Tod und Verwesung begegnen ihm. Auf dem Friedhof freundet sich Baratte mit dem weltgewandten Organisten einer leer stehenden Kirche an, durch den er Zugang zur zwielichtigen Schattenwelt von Paris erhält. Dort lernt er das Mädchen Héloïse kennen und verliebt sich in sie. Und auch ein Arzt, ein freundlicher Mann namens Guillotin, besucht die alten Ruhestätten auf der Suche nach anatomischen Studienobjekten. Während alledem künden bedrohliche Ereignisse von einer aufziehenden Gefahr.