Ninjafeberen herjer fortsatt! Nelson gleder seg til idrettsstevnet på skolen. Han er tross alt verdens siste ninja og må anstrenge seg for ikke å vinne alt. Men akkurat da han helst skulle hatt ninjakreftene sine skjer det et mystisk bytte. Plutselig kan bestemor slå saltomortaler og stå på hendene, mens Nelson har fysikken til en gammel dame. Og når det viser seg at noen med onde hensikter står bak konkurransen må Nelson finne en måte å redde alle på skolen, uten ninjakreftene sine.