De namnlösa inkräktarna förvandlar planeten Jorden till ett livskraftigt ekosystem för dem. Befälhavare Tarik Connar befinner sig i en alternativ verklighet på grund av ett oförsiktigt "avståndslöst steg". Han upplever utomjordingarnas ankomst på nära håll och lyckas nätt och jämnt undkomma dem. Plötsligt befinner han sig i en kamp på liv och död. Tillsammans med de fyra sista muterade överlevarna från apokalypsen lyckas han smyga obemärkt ombord på ett av de utomjordiska skeppen.

I en förseglad energikammare, gömd djupt under jorden i Chron-bastionen Ereškigal, låg två en gång artificiellt skapade livsformer i en sömnliknande stas. Liam, en livsform, skapad från ett "Second Life"-spel och Hyp, det fysiska hologrammet (avataren) för Future I, som en gång utvecklade sitt eget medvetande. De var livsformer som hade utvecklats ur ett slags mjukgjord, mörk energi.