Vid den idylliska ön Pellestrina i närheten av Venedig hittas far och son brutalt mördade i sin fiskebåt. Kommissarie Brunetti kallas dit för att utreda morden men öborna är lika slutna som musslorna de fångar. Förgäves försöker Brunetti genomföra sin utredning men motståndet är kompakt. Då anmäler sig chefens sekreterare signorina Elettra som frivillig. Hon har släkt på Pellestrina och är accepterad av befolkningen. Motvilligt går kommissarien med på förslaget och med dagarna stiger hans oro för hennes säkerhet eller är det av andra orsaker han inte kan sluta tänka på signorina Elettra? När hans hustru Paola börjar undra inser Brunetti att det inte bara är mordutredningen som är komplicerad. Ytterligare ett mord sker i den, på ytan, så stillsamma byn och befolkningen vägrar fortfarande att tala. Frustrationen växer men när Brunetti gör en bakgrundskoll på den unge man, Carlo, som Elettra umgås med får polisen äntligen ett genombrott. Kommissarien beslutar sig för att konfrontera Carlo men han kommer för sent. Carlo och Elletra har redan gett sig ut i lagunen med Carlos släkting. Brunetti följer efter med polisbåten när han ser de svarta molnen som tornar upp sig mot horisonten. På ett ögonblick har den stilla lagunen förvandlats till ett stormande inferno och Brunetti kämpar inte längre för att lösa ett brott utan för att överleva. Som vanligt lyckas Donna Leon med Djupt vatten berätta en spännande historia om den sympatiske och populäre kommissarie Brunetti mot en bakgrund av vacker natur, intressanta karaktärer och kryddad med frestande italiensk mat.