Året er 1999 og Daniel er lige flyttet hjemmefra. Daniel er dygtig på universitetet men ikke så dygtig udi livet.
Da hans bedste ven vinder deres fælles ungdomsflamme, kaster han sin kærlighed på en pige, der bor i bygningen overfor. Daniels betagelse tager til og udvikler sig til ren overvågning. Da han erfarer, at pigen bliver behandlet dårligt af sin kæreste, får han fantasier om, hvordan han skal redde hende. Han beslutter sig for at tage affære, og det får katastrofale følger - både for menneskene omkring Daniel og for Daniels forståelse af sig selv og verden.
Samtidigt er der drama i hans studiegruppe. Veninden Maja bliver slået af sin kæreste og spørgsmålene trænger sig på: Hvordan redder man nogen, der ikke vil reddes, og måske vigtigst af alt: hvem skal redde Daniel?
Hendes øjne er grønne er en grotesk dannelsesroman om kærlighed og venskab - og om, hvor forvrænget verden bliver, når man betragter den gennem en kikkert.