Jason Bourne tar på seg oppdraget med å redde sin eneste venn i CIA, Martin Lindros. Han forsvant i Afrika mens han fulgte sporet av ulovlige forsendelser med uran. Trygt tilbake i Amerika overtaler Lindros Bourne til å hjelpe ham med å spore opp terroristene som kjøper det kjernefysiske materialet. Bourne går med på det – men lider snart av forvirrende flashbacks fra ukjente steder og hendelser.

Er det noen som hjernevasker ham for å få ham til å miste sporet? Nå er Bourne på egen hånd. Han samler bevis, samtidig som han må være ett steg foran terroristene som er fast bestemt på ødelegge USA.