Yksitoistavuotias Emil asuu Visbyssä, juuri muurien suojassa. Kotipihan perällä on Emilin salapoliisitoimisto. Ja Visbyssä sellaista todellakin tarvitaan, sillä kadut ovat täynnä toinen toistaan hämäräperäisemmän näköisiä tyyppejä. Yhdessä pikkusisko Lindan ja höpsön koiran Mollyn kanssa Emil ratkoo visaisia arvoituksia.
Emil Wern tutkii -kirjat ovat hauskaa jännitystä juuri lukemaan oppineille. Tekstiä siivittää Mimmi Tollerupin ilmeikäs mustavalkokuvitus.
Joku täyttää salaa Ubben perheen roskatynnyrin, ja Ubben äiti suuttuu. Visbyssä kun jätteidenkäsittely maksaa, eikä perheellä ole paljoa rahaa. Onneksi Emil löytää pian johtolangan