Hossein är bara ett år når han och hans föräldrar måste fly sitt hemland Afghanistan där de riskerar döden, av religiösa skäl. Men inte heller Iran är säkert för en familj ur minoritetsbefolkningen hazarer, som familjen tillhör. När Hossein är tretton påbörjas nästa flykt, som slutar med att familjen splittras.
"Pojken med den blå ryggsäcken" bygger på en sann historia om en ensamkommande pojke och är också en berättelse om kärlek med förhinder, en cementerad hederskultur och svensk dubbelmoral.