Anden Verdenskrig er brudt ud, og Hillevis børn er flyttet hjemmefra. Kristin har stiftet familie og er flyttet nordpå, og Myrten er rejst til Stockholm med en hemmelighed, som hverken Hillevi eller Kristin nogensinde kommer til at kende. Hjemme ved Svartvattnet indhenter fortiden Hillevi i form af Elis. Da han atter en gang truer med at gribe afgørende ind i hendes families tilværelse, er hun ikke i tvivl om, at hun må handle.

Rørte vande er den selvstændige fortsættelse til Guds barmhjertighed og udgør anden del af trilogien Ulveskindet, der handler om Hillevi Halvarsson og hendes familie.