Tanto desde el punto de vista administrativo como penal, el derecho sancionatorio ambiental se rige por una serie de principios transcendentales, el primero de los cuales, por supuesto, es el de legalidad, que circunscribe el ejercicio del poder público al ordenamiento jurídico que lo rige; este principio fundamental se encuentra reflejado en la Ley 1333 de 2009 y en el título XI del Código Penal como límite a la potestad punitiva del Estado, en el sentido que solo pueden castigarse las conductas expresamente descritas como infracciones o delitos en cada uno de los instrumentos normativos mencionados. No menos importantes son los otros principios que están en la base del régimen sancionatorio ambiental: el debido proceso, el derecho de defensa, la presunción de inocencia, el de contradicción, el de favorabilidad y el principio in dubio pro natura, entre otros.
