Hamburg brænder så kraftigt, at man helt oppe i Sønderjylland kan se himlen blive rød om natten. Vi er i 1943, og de engelske generaler prøver at forkorte krigen ved at smadre de tyske storbyer. Man går ofte efter civilbefolkningen. Hamburg bliver Tysklands Hiroshima, Dresden dets Nagasaki.
20-årige Johanna bor i Hamburg med sin mor og lillebror, da angrebene sætter ind. Vi følger hendes og hendes families og naboers kamp for at overleve eksplosioner og ildstorme og senere hendes kamp for at få et ordentligt liv efter krigen.
Bomberne rammer ikke kun de 36.000, der mister livet. Fornemmelsen af glødende luft og synet af ruiner og lig bliver ikke glemt af dem, der klarede sig ud af flammerne. De får psykiske og fysiske skader for altid. Hvordan lever man med det?
Engang en by er en fortælling om, hvad krig kan gøre ved mennesker. Og hvad mennesker gør – for at forblive mennesker.