Der er gået næsten halvandet år, siden Mikkel hentede Anika på hospitalet. Meget er forandret. Mikkel er begyndt i 1.g og bor nu nærmest hos Anika. Men Emilie går også på gymnasiet, og hun flirter ustandseligt med Mikkel. Og han er dårlig til at modstå fristelser – især når han har fået lidt for meget at drikke.

Lige før sommerferien mødes Mikkel med klassen fra folkeskolen. Det er en dejlig aften, de spiser sammen, snakker om "de gode gamle dage" og ender lidt over midnat foran diskotek Molly Malone. Så sker der noget katastrofalt. I få øjeblikke genoplever Mikkel hele sit liv…

Mikkel & Anika er den sjette og sidste bog i den populære serie om Mikkel Thøgersen, hans venner, veninder og hans trofaste hund Compagni.