Lund dallrar i sommarhettan. På Zoologiska museet extrajobbar studenterna Eva och Hildur med att packa ned det sista inför museets nedläggning. Bland gamla uppstoppade djur och besynnerliga föremål som aldrig visats för allmänheten hittar Hildur en loggbok skriven av Sofia Tholl, den kvinna som en gång i tiden byggde museet. Snart dyker hennes namn upp i allt fler sammanhang och Hildur börjar undrar om det verkligen är en slump. Inte heller vaktmästaren Olle kan undgå att något händer på museet. Det är som att någon protesterar mot nedläggningen. Någon som inte är en människa.

Sofia Tholls kabinett är en kuslig och suggestiv berättelse där mörka drivkrafter från det förflutna väcks till liv i skuggorna på det nedläggningshotade museet.