Hace un año que Japón se ha rendido en la Segunda Guerra Mundial. En medio de la confusión y el caos que sigue, los cuerpos parcialmente descompuestos, violados y estrangulados, de dos mujeres se encuentran en el parque Shiba de la ciudad de Tokio. Pronto se descubrirán más asesinatos: mujeres asesinadas de la misma manera y, queda claro, por la misma mano.
Narrado por el cínico, desesperado pero decidido detective Minami de la Policía Metropolitana de Tokio, Tokio año cero ficciona la historia real del Barba Azul japonés, un soldado imperial condecorado que violó y asesinó al menos a diez mujeres en medio de la desolación del Japón de la posguerra («un enorme mar de personas desplazadas... Un segundo estás aquí y al otro has desaparecido»). Y esta es también la historia del detective Minami: perseguir y perseguir recuerdos de atrocidades que ya no puede explicar ni perdonar.