Neuvostomiehityksen aikana 1940-50-luvulla kymmeniätuhansia virolaisia vangittiin ja karkotettiin syytettyinä kommunismin vastaisesta toiminnasta. Myös Imbi Pajun äiti ja tämän kaksoissisar vangittiin 18-vuotiaina, eivätkä he voineet puhua kokemuksistaan kymmeniin vuosiin. Kansakunnan vaientanut pelko koskettaa edelleen lukemattomia virolaisia.
Torjutut muistot lähtee kirjoittajan halusta ymmärtää, millaisia kokemuksia hänen äitinsä on kantanut mukanaan ja elänyt unissaan puoli vuosisataa. Päästäkseen lähemmäksi äitinsä kokemusta hän haastattelee neuvostomiehityksen ja terrorin julmuudet kokeneita ihmisiä ja aihetta tutkineita henkilöitä. Keskeiseksi kysymykseksi nousee: Mitä oikeastaan tapahtui ja miksi?