Die Ninja sind noch immer im Königreich Shintaro und versuchen sich gegen den unheimlichen und gefährlichen Totenkopf-Magier zur Wehr zu setzten. Unterstützung bekommen sie von den Munks und den Geckles, die endlich ihre Feindschaft begraben haben. Außerdem lernt Cole einen wichtigen Teil der Vergangenheit seiner Mutter kennen. Werden unsere Ninja am Ende den Totenkopf-Magier bezwingen können?