Alors qu'elle mène une vie (trop) paisible avec son père adoptif, la jeune Nel est enlevée par un dangereux capitaine. Il lui apprend qu'elle abrite l'âme de la Reine des Serpents de mer, de redoutables créatures qui sèment la désolation. Elle découvre également que son père adoptif était un pirate, victime des Serpents de mer. Pour les empêcher de s'emparer de Nel, il va fuir le navire avec d'anciens compagnons pirates. S'ensuivront des batailles sur mer et sur terre, des rencontres avec une sorcière, des bêtes sanguinaires, des fantômes. Sans oublier le capitaine, bien décidé à se venger...