Dès les débuts, au IXe siècle, l'idée de la botanique se trouve associée à la pensée rationnelle : rendre intelligible l'origine, la constitution et le devenir d'une plante.

Cette science est née dès lors qu'il a été nécessaire de saisir le réel directement par les sens, par l'intelligence et de les confronter à l'expérimentation. Un tel résultat n'est pas obtenu en se basant sur des mythes cosmologiques, la magie ou des puissances surnaturelles, mais en postulant avant de le confirmer par l'expérience que la nature est régie par des lois constantes, que toutes les réalités obéissent à un ordre, que l'émergence ou la succession des phénomènes n'est aucunement due à l'action du hasard ou de processus d'une quelconque évolution.

La botanique sous-entend, d'une part, une notion biologique, à savoir l'étude de l'ensemble de végétaux identifiés en familles, genres et espèces vivants sur un espace géographiquement délimité ; ces espèces vivent en harmonie (symbiose ou mutualisme) ou s'isolent pour constituer des types de végétation tellement variés.

L'avènement des monographies botaniques traitant de groupes systématiques (famille, genre, etc.), des catalogues, énumérations commentées traitant des taxons connus sur une zone géographique ont été établis par des concepteurs géniaux tels que A.H. Dinawari, A. Ibn Al-Wafid, A.I.M. Al-Ghafiqi, A.A. Al-Nabati, A.M.A. Ibn Al-Baïtar et constituent le fondement de la botanique actuelle. En effet, le rôle et l'activité scientifiques des auteurs de cette science sont à l'origine d'ouvrages qui firent autorité durant des siècles. La botanique s'est enrichie depuis et a donné les diverses branches et travaux de floristique qui ont pris un développement considérable aujourd'hui. Dès le début du IXe siècle, paraissent des traités, des corpus, des manuels illustrés qui décrivent les espèces végétales et en incorporent d'autres exotiques grâce à l'essor des voyages d'exploration à des fins botaniques. Sur le plan pratique, les fondateurs cherchaient à rendre le contenu de la botanique le plus cohérent et le plus accessible possible.

Quoi qu'il en soit, l'évolution constante de la botanique et de ses conceptions classificatoires par l'incorporation des études cytologiques, palynologiques, biochimiques et cladistiques et de l'intérêt en écologie (modifications naturelles ou provoquées par l'homme) contribue à accroître savamment notre connaissance du domaine végétal.