Rei Kurorogi hat das Universum vollkommen umgeschrieben und es gänzlich nach seinen Vorstellungen geformt. Alle stehen nun unter seiner Kontrolle. Lediglich Shinobu, Mikano, Rayl Muroku, die Tsukune aus der Zukunft, Kii und die junge Tsukune konnten sich im sogenannten "Interspace" in Sicherheit bringen. Sie setzen all ihre Hoffnungen in die Errichtung eines neuen Altars der Zeit!