Der Ich-Erzähler Karl Duschek begeistert sich vor allem für Kunst und Literatur. Sein Vater ist ein erfolgreicher Karriereoffizier in der österreichisch-ungarischen Armee. Auf Druck des Vaters tritt auch Karl ins Militär ein. Doch gerade durch diesen Schritt steigt seine Bereitschaft, sich endlich vom Vater zu emanzipieren. Er wird Mitglied in einem anarchischen Geheimzirkel, der gegen den österreichischen Staat opponiert. Als der russische Zar auf Staatsbesuch kommt, wird Karl von den Anarchisten dazu auserkoren, einen Anschlag auf den Monarchen zu verüben. Er muss sich entscheiden.
Franz Werfels Darstellung des Vater-Sohn-Konflikts in »Nicht der Mörder, der Ermordete ist schuldig«, ist von ungebrochener Aktualität.