Efter att framgÄngsrikt ha lyckats förstöra det globala vapenföretaget VT Industries i Norrlands djupa skogar och dÀrefter precis undkommit Edward Kellers efterföljande hÀmndaktion, lever nu Yuri och de andra ungdomarna separerade frÄn varandra med de hotfulla skuggorna frÄn deras förflutna, stÀndigt hÀngande över sig. Samtidigt anlitas ytterligare ett nytt hot i form av specialförbandsoperatören Josef Claesson som fÄr i uppdrag att i hemlighet jaga rÀtt pÄ kvarlevorna frÄn det förfallna VT Industries och de förÀdlade ungdomarna och lÀmna över dem till en topphemlig, nyupprÀttad avdelning inom den svenska Försvarsmakten. NÀr dessa sedan attackeras av Kellers nya, fruktade soldater Ànnu en gÄng, inser de att han Àr tillbaka för att avsluta det som han pÄbörjade för flera Är sedan och Àmnar nu att slutföra sin plan med kodordet Skymningsprotokollet. Lyckas Keller med sin plan, kommer vÀrlden aldrig mer att bli sig lik igen, om inte Yuri och de andra stoppar honom en gÄng för alla.
Skymningsprotokollet Àr den andra delen i bokserien Valkyria Arkiven.