Midden negentiende eeuw. Elke vrijdagmiddag verzamelt zich voor een daglonershuisje in het oosten van Nederland een devote menigte armoedzaaiers: daar ontvangt om klokslag drie uur een zwaar ziek meisje de stigmata van Christus. Een wonder, of is er sprake van hysterie? Van oplichterij zelfs? Pastoor Peters wordt door de aartsbisschop uitgezonden om de zaak te onderzoeken.
De pastoor, hartstochtelijk estheet en gewend aan het verfijnde milieu van Rome, is niet van plan zich al te lang in dit vergeten achterland op te houden. Het bedrog van het meisje is in zijn theologisch geschoolde ogen eenvoudig te ontmaskeren. Maar al bij de eerste kennismaking wordt hij overrompeld door haar diepe, eenvoudige geloof. Hij huivert.
In zijn pogingen de zaak uit de wereld te helpen, raakt hij verstrikt in een web van merkwaardige allianties. De godloochenende dorpsarts wil niets liever dan het meisje opereren. Een aantrekkelijk voorstel, maar niet zonder risico's. De abdis van het naburige nonnenklooster speelt een andere kaart uit die niet losstaat van een gezamenlijk verleden. Huishoudster Stien tart zijn besluiteloosheid. En dan is er nog de idioot Jan, misschien wel de enige onvoorwaardelijke vriend in de vijandige dorpsgemeenschap.
Uiteindelijk besluiten de pastoor en de arts tot een laatste, huiveringwekkend experiment dat eens en voor al de goddelijke oorsprong van de stigmata moet logenstraffen.
Het vergeten seizoen is een indringend portret van een geremd man die, beproefd door de rauwe werkelijkheid, zijn afstand tot de mensen moet opgeven.'