Alt er gået den forkerte vej for Owen, siden hans far blev uskyldigt dømt for en forbrydelse og derefter døde i fængslet. Monroe – skolens IT-ansvarlige – kan måske hjælpe Owen med at få renset hans fars navn og få opklaret, hvad der egentlig skete. Monroe har nemlig fået fingre i en maskine, som gør det muligt at udforske folks genetiske minder.
Ved hjælp af maskinen bliver Owen ført tilbage til et minde, som ligger i hans DNA: optøjerne i New York City i 1863 under den amerikanske borgerkrig. Her får han nys om et meget kraftfuldt relikvie fra en urgammel civilisation. Et relikvie som to hemmelige organisationer – Assassinernes Broderskab og Tempelridderordenen – vil gøre hvad som helst for at få fat i. Owen må klare sig i New Yorks voldsfyldte gader, og hvis han skal redde livet, må han finde relikviet før assassinerne og tempelridderne.