Wie der Titel dezent suggeriert handelt diese Geschichte von einem Computerspiel mit neunundneunzig Spielstufen, die sich bei jedem Spieler anders gestalten. Hauptakteur ist ein unbekümmerter männlicher Jugendlicher, der seltsamerweise in das Spiel hineingesaugt wurde anstatt es nur am Monitor zu konsumieren. Da er zudem eine Mogelsoftware verwendet hatte, hat der Junge einige Level übersprungen, weshalb es für Menschen die ihn retten wollen ein umso schwierigeres Unterfangen wird.
Die erste Person die dieses Ziel verfolgt, obwohl die beiden ein angeknackstes Verhältnis haben ist die Mutter des Jugendlichen. Da sie mit der Suche allein allerdings hoffnungslos überfordert wäre engagiert sie einen Privatdetektiv der behauptet, Dinge wieder ans Tageslicht zu bringen, die den Blicken gewöhnlicher Leute verborgen bleiben würden. Andere relevante Charaktere sind unter anderem ein Mädchen welches die gleiche Schule aber nicht Klasse wie der verschollene Junge besucht, der Programmierer des Spiels sowie dessen letzte Verflossene.
Obwohl die Handlung einige Elemente zu bieten hat, bei denen Computer und Videospielern warm ums Herz werden dürfte, wird auch darauf eingegangen warum die Mutter ein schlechtes Verhältnis zu ihrem Sohn hat und warum der Junge im Fachmarkt eine spezielle Version von Level 99 ausgehändigt bekam.