Da en mand bliver fundet dræbt i en væltet container ved havnen i Gudhjem efter, at han har været forsvundet i årevis, bliver hans bror med det samme mistænkt. Men er han nu den rigtige gerningsmand?

Makkerparret Stina Funk og Jens Kjøller kigger nærmere på sagen og bliver derved ført ned ad dystre veje – omkring en hemmelig grotte uden for byen, til et skib i bugten uden signal og hen til et ubeboet hus, der bærer en skræmmende ond historie med sig. Måske er manden i containeren faktisk slet ikke det eneste offer, mens Funk selv pludselig kan vise sig at være i fare, jo dybere hun graver ind i sagen ...

Det sorte hus er andet bind i Kirsten Sonnes bornholmerkrimiserie og efterfølger 'Den vilde'.