På årets første nat, i isnende kulde, forsvinder 18-årige Nina Bjerre fra en nytårsfest i Grenå. Dagen efter ved sin bopæl på en klint 13 kilometer derfra - finder Dictes Svendsens søn, Peter, liget af Ramses Bulai, en gammel kending af politiet. Til stede på klinten den dag er også Peters nye nabo, en mystisk ung kvinde ved navn Felix. Peter selv forsøger at lægge sin fortid bag sig. Han benægter sit kendskab til Ramses, og senere forstår han, at også Felix holder noget skjult. Sammen forsøger de at kortlægge, hvorfor Ramses skulle dø, og hvorfor Felix skulle komme ud for en ulykke og lide et uerstatteligt tab. Pilene peger på en værdifuld last i et sænket skib et sted i Kattegat. En last, som nogen vil gøre alt for at finde. Sideløbende må den lokale politimand, Mark Bille Hansen, acceptere, at hans tidligere elskerinde nu er chef for Efterforskningen. Holdet fra Århus sætter hovedkvarter op på Grenå Politistation. To dage efter Nina Bjerres forsvinden, finder dykkerpigen, Kir, liget af en ung pige i havnen: Hun er nøgen og fastgjort til et anker, og hendes ansigt er flået af. Er liget i havnen Nina Bjerre? Havde hendes og Ramses drab noget med hinanden at gøre? Peter Boutrup må sande, at svaret ligger et sted i den fortid, han forsøger at glemme.
Tre hundes nat er mere end en krimi. Elsebeth Egholm tager læseren med ind i miljøer på kanten af et kuldslået Danmark, til ludere, svinebønder, indsatte, pigebander og provinsens stille eksistenser. Hun præsenterer Dictes bortadopterede søn, Peter, som hovedperson. Som sin mor, Århus-journalisten, er han en overlever. Men et er at overleve, noget andet er at få det liv, man ønsker sig.
