Jason Bourne, alias David Webb, mistenker sine tidligere kolleger i den kriminelle organisasjonen Medusa for å infiltrere regjering og forretningsliv. Han tror at de styrer verdensøkonomien ved multinasjonale manipulasjoner. Gjennom denne kjernen planlegger han å tilintetgjøre Sjakalen.

Men i en fornøyelsespark utenfor Baltimore blir en tilfeldig kvinne myrdet. To menn er vitner, etter å ha fått et brev med et innhold de ikke våget å ignorere. Det går opp for dem at kvinnen er blitt brukt som åte for at beskjeden ikke skal misforstås: Sjakalen har gjenopptatt jakten på Bourne.