Tras el abandono de Monte Albán, el Huijatao o Sumo Sacerdote zapoteco se instaló en los palacios de Mitla, donde también se sepultaba a los gobernantes de Zaachila. En aquel entonces surgieron los señoríos de la Mixteca Alta, cuyos linajes plasmaron sus historias y devociones en numerosos códices. Sólo algunos de estos documentos sobrevivieron hasta nuestros días, conociéndose por un estilo caligráfico que incorporó y estandarizó la iconografía de los códices más antiguos. En el Altiplano Central los tolteca y nonoalca chichimeca extendieron su dominio sobre los pueblos que alguna vez estuvieron afiliados a Teotihuacan. Algunos de ellos, sin embargo, decidieron emigrar a Oaxaca e impulsar la formación de nuevos señoríos, además de fomentar el uso de los signos que se manejaban en su región de origen.
Cuando el sacerdocio zapoteco mandó elaborar los códices en muro sobre los dinteles de los palacios, empleó la iconografía de los antiguos códices mixtecos, sin perder de vista los signos y códigos que daban sentido a su propia tradición. Los grupos chichimecas que llegaron del Altiplano dejaron huella en la cerámica y arquitectura de Mitla, pero es en la narrativa de las pinturas murales en donde mejor se les reconoce. Este hecho no llegó a modificar el carácter zapoteco del sitio, ya que los palacios están ubicados en los confines de Teozapotlan, un señorío cuya historia aún está por escribirse.
