Da Danmark den 2. oktober 1972 stemmer sig ind i EF, drager lægen Jens Jessen en voldsom konsekvens, som tvinger hans søskende, Lise og Mogens, til selvransagelse. Særligt Mogens, som har valgt en ganske anden livsbane end Jens, får vendt op og ned på sit liv, og han sætter sig for at forstå sin bror. Sporene leder tilbage til tiden før besættelsen, og man følger søskendeflokken og dens kamp for at finde en plads i et Danmark, hvor vedtagne normer er i opbrud.
Når den stærke vogter sin gård handler om at være i verden, men ikke af verden, om enten at tage sit kors op eller gøre alt for at undgå det i en tid, der kræver stillingtagen til store spørgsmål både på det politiske og det eksistentielle plan.