Avocadotræet er historien om pigen Guadalupe, fra hun som 3-årig må flygte fra sit hjemland, El Salvador, til nabolandet Honduras, og til hun som 16-årog vender tilbage for at deltage i guerillaens modstandskamp.

Avocadotræet spænder over årene fra 1973 til 1990. For Guadalupe bliver det en tid fuld af voldsomheder og omvæltninger, adskillelser og tab, men også en tid, hvor venskaber og kærlighed sættes på prøve.