Sonnés par l'attaque des Svart Ridder, les passagers du Moëbius doivent fuir le sanctuaire sur lequel ils fondaient leurs espoirs d'avenir. Sous la gouverne d'un nouveau commandant, l'équipage se retrouve divisé alors qu'un petit groupe de dissidents refuse de céder le pouvoir à un imposteur. Une rébellion se prépare et Élias, le fils du défunt Amiral, compte bien rétablir l'ordre au sein du vaisseau.

De leur côté, Saya et Izaé luttent pour leur vie. Emprisonnées et traitées comme de la vulgaire marchandise, elles sont en route vers un futur incertain quand leur navette est attaquée par de mystérieux ravisseurs.