To brødre vokser op i årtierne efter 2. Verdenskrig. Deres far har været leder af modstandsbevægelsen i Frederikshavn og har måttet foretage nogle valg, der forfølger ham, og som han ikke kan tale om.
Poul har passet på sin mor, mens faren var under jorden, og føler stadig et stort ansvar for hende og sin forsigtige lillebror, Jens. Men som 15-årig får han nok og stikker til søs, og den 12-årige Jens er nu alene på hjemmefronten, da faren pludselig forsvinder og efterlader ham og moren husvilde og alene i et lånt sommerhus.
Vi er brødre er en familiefortælling om fædre og sønner, om det ambivalente forhold mellem den følsomme drømmer Jens og den vrede aktivist Poul, om deres splittelse og længsel efter at gøre en forskel i en verden under hastig forandring