Kung Johan har tagit makten i landet efter sin bror och vill nu även med Henriks hjälp skilja den fängslade Erik och hans Karin åt. Hon förs bort från sin man men fortsätter att vakta en stor hemlighet. Johannes är tillbaka i Sverige och blandas in i en sammansvärjning mot kung Johan, men söker fristad hos kungens bror, hertig Karl, efter ett misslyckat attentat. Av Karl får Johannes i uppdrag att sabotera en skola för blivande präster som ryktas vara ett näste för katoliker. Där arbetar Henrik, som till skillnad från sin halvbror håller fast vid den gamla tron. Johannes lyder men tvingas betala ett högt pris för att lyckas.

Brodermördaren är den femte delen av sex i en historisk romanserie som för lyssnaren tillbaka till det omvälvande och farliga 1500-talet, en tid som inte är alltför olik vår egen.