Da Mikkel Fønsskov en dag finder en gammel slidt bog, går det op for ham, at der engang foregik en religionskrig i hans lille fynske hjemby. En fattig daglejer har mødt Gud og er blevet hellig. Men han er oppe imod landsbyens egenrådige præst, der vil ændre verden med fornuft og undervisning. Fanatikerne skal udryddes.

Konflikten på Fyn var ikke bare lokal. I 1800-tallet begynder oprørske bønder og fattigfolk over hele landet at kræve frihed, lighed og ret til at tro på deres egen måde. De samler sig i en folkelig bevægelse og går imod præstestanden trods trusler om udstødelse og fængselsstraffe.

Oprør er beretningen om en kamp, der både splittede og forenede danskerne i en tid præget af ulighed og undertrykkelse. Det er historien om oplysning og fromhed, om land mod by – og om had, magtspil og indre splittelser.