Ce roman composite alterne récit biographique, lettres, digressions philosophiques et narration proprement dite, en un prologue et deux parties.
Prologue. Germaine Malorthy, Mouchette, a seize ans. Elle révèle à ses parents qu'elle est enceinte. Son père va demander réparation au marquis de Cadignan, hobereau local, qu'il soupçonne d'avoir séduit sa fille. Mais il n'en obtient rien et retourne sa colère contre Mouchette. Celle-ci s'enfuit, va trouver Cadignan et se heurte aussi à son incompréhension. Désespérée, elle le tue...
Première partie. Au cours de la nuit de Noël, l'abbé Donissan discute avec son supérieur, l'abbé Menou-Segrais. Ce dernier, conscient de la valeur du jeune prêtre, refuse d'accéder à la demande de Donissan qui se sent moralement trop faible pour accomplir correctement sa tâche pastorale. Il le maintient dans ses fonctions et lui confie de surcroît une mission à Étaples. Sur la route, Donissan s'égare, et, rencontrant un étrange maquignon, se trouve face à face avec lui-même - ou le Diable. C'est alors que, errant dans la nuit du côté du château de Cadignan, Mouchette surgit devant lui...
Ce premier véritable roman de Georges Bernanos annonce les principaux thèmes auxquels il restera fidèle par la suite: révolte contre le pharisaïsme bien-pensant, expérience du Mal, détresse des humbles.