Kriminalarna Hanna och Alexander blir tilldelade ett fall där en präst – Olof Wallenius – har mördats och korsfästs i sin kyrka i Södra Sandby utanför Lund. Det visar sig att Olof varit stödperson till ett flyktingboende varifrån flera barn försvunnit.

Strax därefter försvinner 6-åriga Lilly. Misstankarna går direkt till styvpappan Henrik när det kommer fram att han misshandlar Lillys mamma. Under tiden börjar också Hanna och Alexander förstå att flyktingboendet kan vara ett tillhåll för pedofiler, vilket gör sökandet efter Lilly och mördaren alltmer febril.

Samtidigt med fallet fortskrider Hannas och Alexanders hemliga kärleksrelation. Men allt ställs på sin spets när Hanna upptäcker att hon är oplanerat gravid.

"Den som syndar" är den andra delen i den spännande serien Skånemorden om kriminalinspektör Hanna Berg vid Malmöpolisen.