Sommaren står i full blom när den högättade Elin återvänder till sin gård i Uppland år 1350. Hon har just begravt sin familj och gräver en grav åt sig själv för att vara säker på att få vila i vigd jord när hennes stund är kommen. I pestens framfart kan man aldrig ta något för givet. Men sommar blir till höst och vinter, Elin lever men plågas alltmer av hunger och sorg.
När Elins vägar korsas av den föräldralösa flickan Unni fylls gården med nytt liv. Unni som är van att gå sin egen väg och bär på tragiska minnen har svårt att anpassa sig till ett liv nära maktens boningar. Men till slut är det Unnis uppfinningsrikedom och det starka bandet mellan de båda kvinnorna som blir deras räddning vid det fruktansvärda slaget utanför Visbys ringmur 1361.
Skuggornas tid är en stark berättelse om kärlek, vänskap och tillit. Men också om svek och skam som följer i spåren av pest och inbördeskrig.