In der trostlosen, ausgedorrten Wüste des Westens kannte man einst einen Gangster namens El Topo. Als er sein Herz öffnete, wurde er zum Heiligen und vollbrachte große Wunder. El Topo hatte von verschiedenen Frauen zwei Söhne. Den Erstgeborenen, Kain, hatte er als Kind zurückgelassen, woraufhin dieser seinem Vater Rache schwor und als finstere Gestalt durch die Wüste irrte, um ihn aufzuspüren. Doch als Kain seinen Vater schließlich fand, konnte er ihn nicht töten und beschloss, seinen Rachedurst an seinem Halbbruder Abel zu löschen. Doch El Topo verfluchte Kain, auf dass er keine Vergeltung üben könnte...