En lokal högerextremist hittas död på en gata i Landskrona. Polisen tror att det rör sig om en smitningsolycka – inga vittnen eller misstänkta finns. Lokaljournalisten Erik Larsson skriver om händelsen men sedan faller saken i glömska, tills ett tidigare okänt vittne plötsligt kontaktar honom. Snart upptäcker Erik Larsson att han befinner sig i en kapplöpning med den militära underrättelsetjänsten, och att den anonymitet han lovat vittnet på något vis brutits. 'Den tredje passageraren' tar sin början strax efter 11 septemberdåden. Det som först verkar vara ett tragiskt dödsfall utan politisk betydelse visar sig senare vara en händelse med återverkningar långt utanför Sveriges gränser.