Under kalla kriget bedrevs omfattande forskning för militära syften i Sverige. Den var synnerligen viktig för såväl försvaret som det civila samhället. Trots det är den militära forskningen nästan helt okänd idag.
Författarna till Det dolda universitetet visar att stora resurser satsades på militär forskning och att resultaten av dessa satsningar nådde långt utanför den militära sektorn. Militära projekt och forskare flyttade in i det civila forskningssystemet och i vitt skilda discipliner som fysik, datorteknik, statsvetenskap, psykologi och livsmedelsforskning.
Med sin studie ifrågasätter författarna den traditionella bilden av efterkrigstidens svenska forskningssystem – en bild som inte speglar den stora andelen militära satsningar. Den militära forskningen utgjorde, menar skribenterna, i praktiken ett dolt universitet.